Ca dépend des configuration. Lorsque vous utilisez un thème et que vous mettez le script dans le header, si vous êtes amenés à mettre à jour le thème, cela écrasera le header et le code de tracking avec.
Si vous utilisez le plugin, cela ne posera pas de souci.
Donc si vous n’utilisez pas de thème vous pouvez le placer dans le header mais c’est à éviter avec un thème. 

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